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网络药理学揭示草酸钙肾结石氧化应激和炎症损伤机制

发布时间:2024-08-02
草酸钙(CaOx)肾结石是泌尿体系最喜欢见的重大疾病之中。肾安排中CaOx多晶体过饱和沉积状会形成了肾小管血细胞影响和凋亡,因而形成了肾结石的形成了。短链蛋白质多酸由肠腔内活性污泥法杆菌发酵法伙食仟维导致,不只是在不规则肠腔第一道防线中充分调动影响,又很在体系含量上也充分调动至关重要影响。这之中,丁酸是最高的短链蛋白质多酸,存在免疫性减弱和免疫性减弱影响,本刍议刍议丁酸对CaOx肾结石的影响简答内在靶点。

围绕草酸钙肾结石相关机制研究,华山医生泌尿产科吴忠专家教授、周子健硕士生于今年5月在Chem Biol Interact发表了相关成果,7月4日该团队又有一篇新作发表。吴忠专家、周子健博士生在Food and Chemical Toxicology(IF=4.3)上发表题为“Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9”的研究文章。研究人员发现丁酸在体外和体内均能抑制CaOx肾结石模型的氧化应激和炎症损伤,并利用网络药理学预测发现CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的靶基因,最后通过细胞实验证实CYP2C9在草酸诱导的HK-2细胞损伤模型中的作用。拜谱海洋生物与吴忠教授、周子健博士团队再次合作,提供了网咯药理学学服务培训,助力预测CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的潜在靶点,为丁酸预防CaOx肾结石产生的临床应用奠定理论基础。

小文章品牌:Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9(Food Chem Toxicol.,IF=4.3,2023.07) 用户公司:华山卫生院 深入分析因素:大鼠、HK-2细胞膜 分组进行数据:相较比较组(Con)、三维模型组(Model)和丁酸钠组(NaB) 拜谱给予技巧:网路药学学判断

构思步骤图

研究分析结局

探索者第一方面融合大鼠模式,利用生理上生化学指标值和阻止方面的问题学固色等探索具体方法看见丁酸也可以可以减少CaOx模式大鼠肾CaOx尖晶石的建立和挤压伤,优化CaOx模式大鼠的疾病挤压伤和硫化反应的物质的过激表达爱。再者,丁酸还可控制草酸促进的HK-2神经细胞系挤压伤、硫化反应应激状态和神经细胞系凋亡。 为探究性丁酸构造和靶什么是表观遗传统计资料源网站,深入概述一下人数从PubChem提取丁酸和丁酸酯的二维和三维立体构造(图1A)。依据PharmMapper统计资料源库和Uniprot统计资料源库外理后共筛分出117个丁酸靶什么是表观遗传供进一大步概述一下。将什么是表观遗传详实信息接入STRING统计资料源库,对其进行PPI统计资料源网站概述一下。Cytoscape写出了排顺的前20的交通联络线站靶什么是表观遗传的详实统计资料源网站图,涉及到CYP2C9、CASP3、MAPK14、ALB、HRAS、ABL、RARA、RARG、RXRB、PRKACA、NOS3、SRC、MMP9、KDR、HSP90AA1、HPGDS、GSTA3、GSTA1、GSR和GSTM2(图1B)。这样的交通联络线站什么是表观遗传与统计资料源网站中的另外什么是表观遗传均展示出需要的比较非常重要性,说明书怎么写这样的什么是表观遗传可能切实起着协同管理使用。GO和KEGG概述一下揭露了丁酸交通联络线站什么是表观遗传的比较非常重要性有效路经和海洋生态学基本功能(图1C)。交通联络线站什么是表观遗传注意是与类固醇性肾上腺素回复、阳极氧化物应激状态性回复、特异性氧细胞系对类固醇性肾上腺素刺激用的反映及及对酸碱性普通机械产物的反映相关联。总而言之上述一系列的,这样的交通联络线站什么是表观遗传注意是加入了阳极氧化物应激状态性和对特异性氧的海洋生物学反映操作过程,是肾结石达成体制中至关比较非常重要的有效路经,这意味着丁酸可能在肾结石中切实起比较非常重要使用。

图1| 丁酸成分与靶DNA无线网络分折(图源:Zijian Zhou., et al., Food Chem Toxicol.

为进步骤学习方案丁酸对CaOx肾结石事实上切靶什么是DNA,学习方案工人利用GEO数据资料解析库对GSE73680中健康的比与CaOx肾结石我们的什么是DNA完美的影响实行了学习方案。比组与CaOx结石我们的强势性完美的影响表答什么是DNA(DEGs)建立规范为P < 0.05、|log2(FC)| > 1。共建立到3783个什么是DNA发现强势发生改变,这里面3379个(89.4%)什么是DNA表答调涨,404个(10.6%)什么是DNA表答再降(图2A)。对DEGs实行聚类分析算法解析,热图体现了前10个被选中DEGs的二维分类聚类分析算法症状(图2B)。随着,学习方案工人按照GeneCards数据资料解析库人工加工处理签定了370个能够与CaOx肾结石相应的的什么是DNA,自然排名前20位的預測什么是DNA以至于相应的性评价如图甲随时2C随时。成了找丁酸开展CaOx肾结石的重点靶点,学习方案工人将PharmMapper中的丁酸靶点、GEO中的DEGs和GeneCards中的CaOx肾结石相应的什么是DNA加工处理受到没事个Venn图。进而,CYP2C9被断定为丁酸的影响CaOx肾结石的潜在性靶点(图2D)。不但,学习方案工人还实行了丁酸与CYP2C9的分子式连通,CYP2C9的四个蛋白质残基ASN-474、LYS-48和GLY-46与丁酸完美做用,氢键能为4.2 kcal/mol(图2E)。 在利用手机网络药学学预測CYP2C9是丁酸决定CaOx肾结石的靶染色体后,设计人员管理还依据神经元研究查证了CYP2C9可减轻草酸介导的HK-2神经元的ROS程度、慢性炎症软组织损伤和凋亡。

图2| 大部分据库联和深入分析預測CYP2C9是丁酸的功效于CaOx肾结石的靶什么是基因

设计结杲

本研发先看见丁酸在休外和体內均能仰制作用CaOx肾结石模式的脱色应激状态状态和宫颈疾病挤压伤,自后凭借网站药学学淘汰受到丁酸影响力CaOx肾结石的潜在性靶点——CYP2C9,最后一个凭借神经内部实验报告断定CYP2C9在草酸盐成脂的HK-2神经内部ROS水平方向、宫颈疾病挤压伤和凋亡。哪些看见证明丁酸已经凭借仰制作用CYP2C9来仰制作用CaOx肾结石的脱色应激状态状态,缓减宫颈疾病挤压伤。某一过程中中拜谱生态学给出了网站药学学技艺提供服务项目,另外拜谱生态学可提升熟透建立完善的基因组组学、核营养物质组学、排泄组学等几组学设备及技艺提供服务项目,追捧垂询谘询! 考虑医学文献:Zhou Z, Zhou X, Zhang Y, Yang Y, Wang L, Wu Z. Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9. Food Chem Toxicol. 2023 Aug. doi: 10.1016/j.fct.2023.113925.
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