上海拜谱生物科技有限公司-蛋白质组学-代谢组学-单细胞测序-重组蛋白一站式提供多组学联合分析平台

拜谱生物

Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已信息显示出普遍的海洋生物化学活化，还包括抗癌肿和抗病力毒的作用。基本上，三萜是用甲羟戊酸经由镶嵌的，并从天然水绿植的和细菌中拆分。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上提出了发表文章“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的钻研职称论文。该钻研发觉三萜类有机物野生野生灵芝酸（GA）是利用液體提升的无柄野生野生灵芝菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的海洋生物体转换成生产的。完成转录组和核蛋白质组学技术应用设备进这一步打磨无柄虫草菌丝体中DHT生产五种虫草酸（GA）的规则，并会根据几组学技术应用设备的检测到的差别DNA和差别核蛋白质，猜测DHT 海洋生物体结合 GA 的经由。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录类物质析和功能表定义

依据对无柄野生灵芝念珠菌菌丝体去转录组测序共得见67230个转录本和14299个单染色体。在这种单染色体中，498个被鉴定费为相互影响表明染色体（DEGs），这之中213个表明调涨，279个表明下跌（图1A）。GO丰度了解一下后，DEGs有微生物时候中（BP）、体组织物质（CC）和碳原子的功能（MF）3类。在BP行业类中，产生了前5个子行业类：抗菌药被分解转换成分解时候中，乙酸盐分解时候中和甲酸盐分解时候中;而在CC行业类中，体组织外区、突触组合体、突触架构是前5个亚类。对待MF行业类，甲酸脱氢酶（NAD）活力、防氧化备份酶活力和酸氨（或酰胺）对接酶活力是前5个亚行业类（图1B）。在DEGs的KEGG通道了解一下中，前30条丰度度比较高的通道中含27条专属于分解，这之中丁烷分解、乙醛酸盐和二羧酸盐分解、丙酸盐分解卫星信号通道有效丰度（图1D）。

图1|转录多组分析和功能性区分

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

利用对无柄野生灵芝真菌孢子菌丝体实现球核淀粉酶组学研究确定确定浅析，一共来确定了16,457种的难忘肽、2606种球核淀粉酶和2588种酶联免疫法球核淀粉酶。在域值|FC|>1.2和p<0.05的建立前提条件下，在这一2606种球核淀粉酶中，94种被鉴定结论为距离呈现球核淀粉酶（DEPs），但当中52种上浮，42种调低（图2A），图2C信息信息信息显示了距离呈现球核淀粉酶的聚类确定确定浅析法研究确定确定浅析热图。从GO研究确定确定浅析看下，BP行业类型信息信息信息显示，绝大绝大部分数DEPs积极参与冰醋酸盐消化吸收率的时候、四环素拆分消化吸收率的时候和药物剂量拆分消化吸收率的时候。CC类DEPs在神经体内部膜外区、过硫化物酶体和微体中占数量最低，硫化备份酶灵化学活化和甲酸脱氢酶（NAD）灵化学活化在MF类中DEPs的数量最低（图2B）。与转录组最终结果同类，KEGG环路研究确定确定浅析信息信息信息显示，无数DEPs在消化吸收率中生物技术工程丰度，但当中3条最生物技术工程丰度的行业是光合生物技术工程中的碳固确定置、碳消化吸收率和MAPK警报环路（图2D）。显然，利用研究确定确定浅析GO动态数据库视图的CC对DEPs实现亚神经体内部膜确定研究确定确定浅析和注脚（图2E），DEPs通常遍布在神经体内部膜质（40.66%）、神经体内部膜膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），基础理论上是GAs生物技术工程聚合的通常地理位置。

图2|淀粉酶质组的一定量介绍和能力检验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

维持生计物转变和参考组侯选人DEGs和DEPs创作了维恩图，有20个区别描述爱DNA（图3A）。对转录组和球营养物质组中E组和C组共同拥有的DEGs/DEPs来聚类算法分折，得知mRNA和球营养物质直接有18个调整DNA和8个调整DNA，DEGs与它翻譯的DEPs描述爱水准呈正有关系联，鉴于Pearson的有关系联因子分折，在转录组和球营养物质组直接判断到相对来说较高的有关系联性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）查测没想到提示，E组和C组18个DEGs的表达爱爱水平方向地域差异取得，各举9个为调整DEGs，多个为上涨DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的表达爱爱市场需求与转录酚类化合物析没想到不对。

图3|核高蛋白组的定量研究分析研究分析和模块确认

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

返回列表

「上一篇」Mol Cell（IF=16.6）| 保持年轻的秘密？LiP-MS检测揭示细胞衰老相关机制

「下一篇」Nat Metab（IF 20.8）｜代谢组学流行病学为疾病提供病因见解(上）